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En el pueblo se puede contratar un carro o bus para que lleve al grupo hasta El Junco. Durante el invierno, enero a abril, muchas veces se dan fuertes lluvias. En época de garúa puede haber neblina. También uno puede llegar hasta El Progreso y de ahí, caminar, si el grupo es bastante activo. La caminata desde El Progreso puede durar de 1 1/2 a 2 horas (depende del grupo). Desde Puerto Baquerizo Moreno hasta El Progreso son unos 30 minutos en auto.

El área de El Junco tiene límites establecidos. Sin embargo, hasta la fecha, los límites del Parque Nacional no han recibido el respeto por parte de los residentes y es frecuente encontrar ganado en áreas del Parque.

La zona alta de San Cristóbal tiene muchas fincas agrícolas y haciendas ganaderas, por lo que es común encontrar ganado en las lagunas y sus alrededores. Existe muchísima guayaba introducida que se ha dispersado gracias al ganado y compite con Miconia robinsoniana, Melastomatacea endémica de Galápagos. Además, en los últimos años otra planta introducida, Rubus nivea (mora), está causando más problemas que la guayaba; es una planta sumamente agresiva.

La Laguna de El Junco tiene una superficie de 60.000 m2 y su volumen es de 360.000 m3, equivalente a 9 millones de galones de agua. Su diámetro es de 270 m. y su máxima profundidad es de 6 m. Está alimentada solamente con las aguas de lluvia, en el tiempo de sequía decrece hasta un 1 m. y cuando se presentan lluvias fuertes aumenta su nivel hasta rebosarse formando un riachuelo. En el año 1978, aumentó hasta arrojar 5.400 galones por hora. En 1982-83 el río que bajaba desde la parte alta destruyó todo un parque en Puerto Baquerizo. Similares daños fueron causados durante El Niño de 1998. La laguna se encuentra a 19 kilómetros del Puerto dentro de un pequeño cráter que a su vez se ubica dentro de la caldera de un volcán grande, ahora extinto y difícil de distinguir sin conocimientos geológicos.

Según estudios realizados en 1966 por el Dr. Paul Colinvaux, los sedimentos en el fondo de la laguna tienen un grosor de 16 m. Mediante análisis radiocarbónico se ha descubierto que los 3 m. superiores fueron depositados durante los últimos 10.000 años, mientras que los otros 13 m fueron depositados en condiciones secas y cubren un período de 38.000 años, dando una edad total de los sedimentos de 48.000 años. Las implicaciones que esta información tiene para los científicos son muy importantes, porque el Dr. Colinvaux supone que el clima de Galápagos pasó por una época seca causada por avances glaciares en el hemisferio norte, comenzando hace 48.000 años y terminando hace 10.000 años. Una banda orgánica, depositada a la máxima profundidad entre el fango rojo, parece que fue depositada en épocas tan remotas que no pueden ser analizadas por el método radiocarbónico, es decir que debe ser mayor de 48.000 años (Colinvaux 1984). Ahora es aceptado que la Laguna de El Junco ya existía desde el fin de las últimas glaciaciones en el hemisferio norte. (Para mayor información leer el artículo THE GALAPAGOS CLIMATE: Present and Past, escrito por Paul Colinvaux, Key Environments, "GALAPAGOS

En 1966 no existían peces ni hubo presencia de nitratos en la laguna; en 1977 sí había peces y nitratos. El incremento de nitratos se debe quizás a la presencia de ganado, o a los mismos peces, los cuales son una especie de lisa, probablemente introducida por habitantes locales.

El nombre de la laguna proviene de un tipo de planta que es común en sus alrededores, denominada "junco". Eleocharis mutataes una de ellas y es miembro de la familia Cyperacea.

En 1990, la mosca negra, Simulium bipunctata, fue introducida a la Isla San Cristóbal. Su llegada a la Isla está causando muchos problemas, sobre todo a los finqueros que viven más arriba de los 300 m. de altura. La hembra de esta especie es chupadora de sangre y su veneno es sumamente fuerte, en algunos casos hasta ha causado la muerte de animales y humanos cuando estos han sido picados por muchos de estos dípteros. Estas moscas también son vectores de enfermedades como la oncocercosis, enfermedad que se presenta en forma de tumores subcutáneos, los cuales en caso de afectar los ojos pueden causar ceguera parcial o total.